上海宝藤健康管理有限公司是2015年成立的分公司, 依托于宝藤生物股份有限公司的强大技术平台、国际国内一流的专家团队以及海量中国人自己的基因组学数据，专门从事为健康、亚健康或疾病康复阶段的人群提供基于建立个人健康档案的全面健康评估、诊断及提供动态全程健康干预措施，从而降低疾病发生的风险，达到重大疾病延迟发生或者不发生。

截止到2016年3月底，上海宝藤已经与上海市胸科医院、第二军医大学附属长海医院、长征医院、东方肝胆外科医院，上海市第十人民医院、宁波市第一医院、河南安阳市肿瘤医院、湘雅二院等全国七十二家大型三甲医院联合共建精准医学中心，预计在2015年底将与100家三甲医院合作，初步完成中国精准医学生物大数据网络的第一阶段建设。